| 單 位 | 姓 名 | 成 績 | 分段時間 | 晉 級 | 備 註 |
| 北市大學 | 1196莊沐倫 | 00:56.19 | 50M: 26.97, 100M: 56.19 | q01 | |
| 陽明交大 | 1093林育陞 | 00:59.80 | 50M: 29.09, 100M: 59.80 | q02 | |
| 北市大學 | 1178張恪榕 | 00:59.92 | 50M: 28.96, 100M: 59.92 | q03 | |
| 臺灣體大 | 1158蘇聖睎 | 01:00.14 | 50M: 29.05, 100M: 1:00.14 | q04 | |
| 臺灣師大 | 1127洪子恩 | 01:00.49 | 50M: 29.25, 100M: 1:00.49 | q05 | |
| 暨南大學 | 1103謝承瑾 | 01:01.11 | 50M: 29.20, 100M: 1:01.11 | q06 | |
| 清華大學 | 1088賴正邦 | 01:02.24 | 50M: 29.80, 100M: 1:02.24 | q07 | |
| 中央大學 | 1023黃冠瑜 | 01:02.45 | 50M: 30.73, 100M: 1:02.45 | q08 | |
| 輔仁大學 | 1205張哲維 | 01:02.53 | 50M: 30.41, 100M: 1:02.53 | | |
| 清華大學 | 1086邵楷閎 | 01:03.40 | 50M: 30.41, 100M: 1:03.40 | | |
| 虎尾科大 | 1054蘇允湛 | 01:04.01 | 50M: 31.18, 100M: 1:04.01 | | |
| 東華大學 | 1039朱宸鋒 | 01:04.42 | 50M: 31.20, 100M: 1:04.42 | | |
| 國北教大 | 1114李冠頡 | 01:04.43 | 50M: 31.51, 100M: 1:04.43 | | |
| 高雄大學 | 1070董欣恩 | 01:04.46 | 50M: 31.18, 100M: 1:04.46 | | |
| 陽明交大 | 1094胡翔發 | 01:04.57 | 50M: 31.05, 100M: 1:04.57 | | |
| 臺中教大 | 1105林彥勳 | 01:04.69 | 50M: 31.20, 100M: 1:04.69 | | |
| 北市大學 | 1198郭亭禕 | 01:05.26 | 50M: 31.21, 100M: 1:05.26 | | |
| 輔仁大學 | 1210鄒家琪 | 01:05.59 | 50M: 30.55, 100M: 1:05.59 | | |
| 陽明交大 | 1090刁序恆 | 01:05.63 | 50M: 31.30, 100M: 1:05.63 | | |
| 中正大學 | 1029戴家豐 | 01:05.70 | 50M: 31.56, 100M: 1:05.70 | | |
| 金門大學 | 1056何召嚴 | 01:06.35 | 50M: 31.33, 100M: 1:06.35 | | |
| 高雄大學 | 1064黃伯軒 | 01:07.52 | 50M: 31.57, 100M: 1:07.52 | | |
| 臺灣體大 | 1160林其賢 | 01:07.94 | 50M: 31.76, 100M: 1:07.94 | | |
| 臺中教大 | 1104鍾皓尹 | 01:10.53 | 50M: 33.75, 100M: 1:10.53 | | |
| 中正大學 | 1032盧孟煜 | 01:11.79 | 50M: 33.79, 100M: 1:11.79 | | |
| 中興大學 | 1035曾品嘉 | 01:12.19 | 50M: 33.64, 100M: 1:12.19 | | |
| 高雄師大 | 1076李睿洋 | | | | 請假 |
| 臺灣師大 | 1140徐 雷 | | | | 請假 |
| 臺灣師大 | 1138陳彥錡 | | | | 請假 |