| 單 位 | 姓 名 | 成 績 | 分段時間 | 晉 級 | 備 註 |
| 臺灣大學 | 1122蔡逸杰 | 01:04.69 | 50M: 30.61, 100M: 1:04.69 | q01 | |
| 臺灣體大 | 1155朱晨愷 | 01:04.95 | 50M: 30.68, 100M: 1:04.95, | q02 | |
| 臺灣體大 | 1157賴秉杰 | 01:05.57 | 50M: 30.68, 100M: 1:05.57, | q03 | |
| 臺灣體大 | 1156陳義翔 | 01:05.91 | 50M: 30.87, 100M: 1:05.91 | q04 | |
| 臺灣大學 | 1118林育緯 | 01:06.24 | 50M: 30.87, 100M: 1:06.24 | q05 | |
| 臺灣師大 | 1134謝季儒 | 01:06.88 | 50M: 31.27, 100M: 1:06.88, | q06 | |
| 北市大學 | 1190陳仲澤 | 01:07.27 | 50M: 31.05, 100M: 1:07.27 | q07 | |
| 國北教大 | 1110江承恩 | 01:07.41 | 50M: 32.68, 100M: 1:07.41, | q08 | |
| 東華大學 | 1044陳昌福 | 01:07.63 | 50M: 31.79, 100M: 1:07.63, ""M: + 0.13 | | |
| 北市大學 | 1191陳煒哲 | 01:07.71 | 50M: 31.03, 100M: 1:07.71 | | |
| 北市大學 | 1193何定倫 | 01:08.48 | 50M: 31.32, 100M: 1:08.47 | | |
| 海洋大學 | 1143林庭右 | 01:08.84 | 50M: 32.62, 100M: 1:08.84 | | |
| 高雄師大 | 1077陳柏宇 | 01:09.30 | 50M: 32.59, 100M: 1:09.30, | | |
| 中央大學 | 1024方淳浲 | 01:09.84 | 50M: 33.03, 100M: 1:09.84, | | |
| 空軍官校 | 1014梁睿彬 | 01:09.85 | 50M: 32.70, 100M: 1:09.85 | | |
| 中正大學 | 1030董俊佑 | 01:10.34 | 50M: 31.97, 100M: 1:10.34 | | |
| 陽明交大 | 1091侯佑霖 | 01:10.81 | 50M: 32.50, 100M: 1:10.81 | | |
| 中山大學 | 1021莊思惟 | 01:10.86 | 50M: 32.41, 100M: 1:10.86, | | |
| 輔仁大學 | 1211蔡欣諺 | 01:10.90 | 50M: 33.43, 100M: 1:10.90 | | |
| 海洋大學 | 1146白奐恩 | 01:11.18 | 50M: 32.59, 100M: 1:11.18 | | |
| 中正大學 | 1031劉奕辰 | 01:11.78 | 50M: 33.95, 100M: 1:11.78 | | |
| 高雄大學 | 1069陳壬薰 | 01:12.23 | 50M: 32.94, 100M: 1:12.22 | | |
| 臺灣大學 | 1121李迪倫 | 01:12.58 | 50M: 34.47, 100M: 1:12.58 | | |
| 屏東大學 | 1062邱一恩 | 01:13.05 | 50M: 34.18, 100M: 1:13.05 | | |
| 清華大學 | 1085林柏漢 | 01:13.20 | 50M: 34.03, 100M: 1:13.19 | | |
| 臺灣師大 | 1128吳浩嵐 | 01:15.47 | 50M: 35.19, 100M: 1:15.47 | | |
| 臺灣師大 | 1126許立諭 | 01:15.48 | 50M: 35.02, 100M: 1:15.47 | | |
| 輔仁大學 | 1204高學澤 | 01:15.63 | 50M: 35.16, 100M: 1:15.63 | | |
| 輔仁大學 | 1212蔡沐峰 | 01:15.85 | 50M: 35.50, 100M: 1:15.85 | | |
| 文化大學 | 1006李政勳 | 01:17.00 | 50M: 35.15, 100M: 1:17.00 | | |
| 高雄師大 | 1078莊忠翰 | | | | 犯規 |
| 臺中教大 | 1104鍾皓尹 | | | | 逾時 |
| 逢甲大學 | 1173陳仲恩 | | | | 逾時 |
| 中山大學 | 1020林品崴 | | | | 請假 |