| 單 位 | 姓 名 | 成 績 | 分段時間 | 晉 級 | 備 註 |
| 輔仁大學 | 3286陳琮尹 | 01:04.44 | 50M: 30.88, 100M: 1:04.44 | q01 | |
| 臺北大學 | 3168楊仲軒 | 01:05.09 | 50M: 31.36, 100M: 1:05.09 | q02 | |
| 臺北科大 | 3174郭庭佑 | 01:07.37 | 50M: 31.69, 100M: 1:07.37 | q03 | |
| 臺北醫大 | 3279賴宥安 | 01:07.46 | | q04 | |
| 成功大學 | 3087謝濟緯 | 01:08.18 | 50M: 32.57, 100M: 1:08.18 | q05 | |
| 臺灣大學 | 3196陳以倫 | 01:08.46 | | q06 | |
| 高雄科大 | 3129李晏綸 | 01:08.63 | 50M: 32.58, 100M: 1:08.63 | q07 | |
| 陽明交大 | 3152曾啟鈞 | 01:09.06 | 50M: 33.45, 100M: 1:09.06 | q08 | |
| 清華大學 | 3140王湘凱 | 01:11.30 | | | |
| 臺灣大學 | 3186林佑軒 | 01:11.41 | 50M: 34.29, 100M: 1:11.41 | | |
| 臺灣師大 | 3203徐士棋 | 01:12.65 | 50M: 34.83, 100M: 1:12.65 | | |
| 海洋大學 | 3218周君諺 | 01:13.90 | 50M: 35.42, 100M: 1:13.90 | | |
| 中山大學 | 3060杜岳洋 | 01:14.71 | 50M: 32.04, 100M: 1:07.46 | | |
| 空軍官校 | 3046張維傑 | 01:14.73 | 50M: 35.32, 100M: 1:14.73 | | |
| 臺北醫大 | 3278林子安 | 01:15.20 | 50M: 35.08, 100M: 1:15.20 | | |
| 淡江大學 | 3241孔令禹 | 01:15.70 | 50M: 36.98, 100M: 1:16.29 | | |
| 東海大學 | 3041江庭光 | 01:15.99 | 50M: 37.66, 100M: 1:15.99 | | |
| 臺灣科大 | 3199施善譯 | 01:16.35 | | | |
| 臺灣師大 | 3209林均維 | 01:16.75 | | | |
| 中央大學 | 3064林宥呈 | 01:17.39 | | | |
| 中央大學 | 3067陳柏源 | 01:19.14 | 50M: 37.71, 100M: 1:19.14 | | |
| 陽明交大 | 3144林揚森 | | 50M: 44.48, | | 犯規 |
| 成功大學 | 3093張孟偉 | | | | 棄權 |
| 長庚大學 | 3048曾浩宸 | | | | 棄權 |
| 文化大學 | 3012蕭旭鈞 | | 50M: 39.82, | | 逾時 |
| 東吳大學 | 3033吳錦澎 | | | | 逾時 |
| 東吳大學 | 3034鄭丞傑 | | 50M: 38.66, | | 逾時 |
| 東華大學 | 3107陳冠宇 | | | | 逾時 |
| 臺北大學 | 3170林紘毅 | | 50M: 49.58, | | 逾時 |
| 靜宜大學 | 3295曹善鎧 | | 50M: 36.81, 100M: 1:16.75 | | 請假 |
| 中山大學 | 3059陳騰翔 | | 50M: 33.20, 100M: 1:08.46 | | 請假 |
| 東華大學 | 3103蔡宗辰 | | | | 請假 |
| 中興大學 | 3080陳大鈞 | | | | 請假 |
| 台北海大 | 3026高安邦 | | | | 請假 |